Ο Δωρόθεος Κλωνάρης κατήγετο από το Βάμο Αποκορώνου. Υπήρξε Διευθυντής του Ιεροδιδασκαλείου Κρήτης (Αγία Τριάδα Ακρωτηρίου), που ιδρύθηκε με χορηγία του Επισκόπου Κισάμου Σελίνου Γερασίμου Σφακιωτάκη (Συρικάρι). Πληροφορίες των καθηγητών του Ιεροδιδασκαλείου αναφέρουν ότι ο Αρχιμανδρίτης Δωρόθεος Κλωνάρης «υπήρξε έξοχος διδάσκαλος. πολυμαθής, δραστήριος, πράος, ταπεινόφρων», χαρίσματα, τα οποία εκόσμισαν και την Αρχιερωσύνη του.

Κατά την τελευταία Επανάσταση του 1896-97 διεδραμάτισε σημαντικό ρόλο στην περιοχή του Νομού Χανίων, αλλά δεν έχομε λεπτομέρειες της πατριωτικής και ποιμαντικής του δράσης. Ο Παπά Βασίλης Μπλαβάκης σε χειρόγραφο χρονικό του αναφέρει:

«Κατά το έτος 1892 Επίσκοπος Κισάμου και Σελίνου εκλέγεται ο πολύς εκείνος Δωρόθεος Κλωνάρης εξ Αποκορώνου καταγόμενος. Μετά ευδόκιμον ποιμαντορία εννέα ετών απέρχεται προς Κύριον ο Δωρόθεος και διαδέχεται αυτόν εις τον θρόνον ο σεμνός Άγιος Άνθιμος Λελεδάκης».