Η Ιερά Μητρόπολη Κισάμου και Σελίνου βρίσκεται στη δυτική Κρήτη και σήμερα περιλαμβάνει τις δύο δυτικές επαρχίες του νομού Χανίων, την Κίσαμο και το Σέλινο.
Έδρα της Μητροπόλεως είναι η πόλη της Κισάμου. Η αρχαία Κίσαμος, έχει εντοπιστεί εδώ και αρκετούς αιώνες στην πεδιάδα που πλαισιώνει τον ομώνυμο σήμερα κόλπο. Αυτή ήταν το λιμάνι της αρχαίας Πολυρρηνίας, της παλαιότερης Δωρικής πόλης της Κρήτης, και ήταν το ναυτικό και εμπορικό κέντρο της Δυτικής Κρήτης. Ο Πλίνιος (4,12,59) την τοποθετεί κοντά στην Πέργαμο και στην Κυδωνία, ενώ ο Ιεροκλής, στον Συνέκδημό του, την αναφέρει μεταξύ Κυδωνίας και Καντάνου. Κατά τον Πτολεμαίο, η «Κίσαμος πόλις» βρίσκεται στο σημερινό κόλπο της Κισάμου, στα σωζόμενα ερείπια κοντά στο Καστέλλι. Αν και βρισκόταν κοντά στην μεγάλη πόλη Πολυρρήνια, λειτούργησε ως αυτόνομη πολιτεία και έκοψε δικά της νομίσματα, προνόμια που διατηρήθηκαν μέχρι την εποχή του Ιουστινιανού.
Λόγω του πλούτου της και της τοποθεσίας της η πόλη Κίσαμος ήταν πάντα καλά οχυρωμένη. Τα τείχη της πόλης χτίσθηκαν από τους Βενετούς και κάποια τμήματά τους υπάρχουν ακόμα. Το χαρακτηριστικό της πόλης ήταν ένα βενετικό οχυρό, το Καστέλλο, απ’ όπου πήρε το όνομά του το Καστέλλι. Καθώς η Κρήτη έχει πολλά μέρη με αυτό το όνομα, η πόλη ονομάστηκε Καστέλλι Κίσσαμου, για να ξεχωρίζει.
Ποιά ήταν η αρχική περιοχή δικαιοδοσίας της Επισκοπής Κισάμου δεν είναι γνωστό ∙ εάν όμως ληφθεί υπ’ όψη, ότι υπήρχε Επισκοπή Καντανίας στο Σέλινο (κοντά στο χωριό Κακοδίκι), μπορούμε να παραδεχθούμε, ότι η επαρχία Σελίνου δεν υπαγόταν πάντα στην ποιμαντική περιοχή του Επισκόπου Κισάμου.
Το 1860 ονομάστηκε Επισκοπή Κισάμου και Σελίνου, η οποία, με Πράξη του Οικουμενικού Πατριαρχείου το 1962, ανυψώθηκε σε Μητρόπολη Κισάμου και Σελίνου –μαζί με τις υπόλοιπες Μητροπόλεις της Κρήτης– και ο Επίσκοπός της έλαβε τον τίτλο του Μητροπολίτου.
Η Επισκοπή Κισάμου συγκαταλέγεται ανάμεσα στις είκοσι πρωτοχριστιανικές Επισκοπές της Μεγαλονήσου, μολονότι πρώτη μνεία Επισκόπου Κισάμου είναι αυτή του Ευκίσσου, που παραβρέθηκε εις την Σαρδική Σύνοδο (343), και μεταγενέστερη αυτή του Θεοπέμπτου, που έλαβε μέρος στην Πενθέκτη Οικουμενική Σύνοδο (691/692). Κατά την Ζ΄ Οικουμενική Σύνοδο μάλιστα του 787, παρέστη ο Κισάμου Λέων. Μολύβδινη βούλα εξ άλλου, που φυλάσσεται στο μουσείο του Ρεθύμνου και ανάγεται στα τέλη του ΣΤ’ ή αρχές του Ζ’ αιώνα, φέρει επιγραφή «εκκλησία Κισάμου», ενώ στον Παρισινό τακτικό 1555Α (731-746) μνημονεύεται από τον τότε Μητροπολίτη Κρήτης ο Επίσκοπος Κισάμου, ενδέκατος στην τάξη.
Η δραστηριότητα της Επισκοπής διακόπηκε κατά την περίοδο της Αραβοκρατίας στην Κρήτη (826-961), ενώ ξανάρχισε κατά την δεύτερη Βυζαντινή περίοδο. Από το 1204, με την Ενετοκρατία, ούτε στην Κίσαμο επετράπη να διατηρεί Έλληνα Ορθόδοξο Επίσκοπο, αφού είχαν εγκατασταθεί Λατίνοι, με εξαίρεση την περίοδο του Γ. Παλαιοκάπα, κατά την ύστερη Ενετοκρατία, ο οποίος, προφανώς, ήταν Έλληνας ουνίτης. Κατά την μακρά αυτήν περίοδο της ξένης κυριαρχίας, όσοι από τους Κρήτες επιθυμούσαν να ιερωθούν μετέβαιναν εις Κύθηρα, τα οποία διατηρούσαν τότε έδρα Αρχιεπισκοπής.
Από το 1645, με την εγκατάσταση στην αγωνιζομένη Κρήτη του Ορθοδόξου Μητροπολίτου Κρήτης Νεοφύτου Πατελλάρου, ανασυστάθηκε και η Επισκοπή Κισάμου, η οποία και διατηρήθηκε καθ’ όλη την περίοδο της Τουρκοκρατίας. Εξαίρεση αποτελούν οι χρόνοι 1831-1860, εξ αιτίας των αλλεπαλλήλων κρητικών εξεγέρσεων, οπότε ενώθηκε με την Επισκοπή Κυδωνίας (ο Κυδωνίας και Κισάμου).
Από την ανασύστασή της, μετά το 1860, εμφανίζεται ως Επισκοπή Κισάμου και Σελίνου και έτσι παραμένει και κατά την εποχή της Κρητικής Πολιτείας (1898-1912) και μέχρι σήμερα, με έδρα την σημερινή πόλη του Καστελλίου.
Είναι γνωστό, ότι, κατά την επανάσταση του 1821, μαρτύρησε δι’ απαγχονισμού ο Επίσκοπος Κισάμου Μελχισεδέκ μαζί με τον διάκονό του Καλλίνικο. Η θανατική καταδίκη τους εκτελέσθηκε σε έναν πλάτανο στην κεντρική πλατεία της Σπλάντζιας στα Χανιά. Πολλοί κληρικοί των επαρχιών μας διακρίθηκαν ως αγωνιστές του μεγάλου δεκαετούς αγώνα, όπως ο Μαρτινιανός Περάκης (έπαρχος Σελίνου) και ο Κάλλιστος Ιερομνήμων (μετέπειτα Επίσκοπος Κυδωνίας). Σημαντικό, επίσης, ρόλο κατά την επανάσταση του 1866-1869 έπαιξε ο Επίσκοπος Κισάμου Γεράσιμος Στρατηγάκης και ο Κισαμίτης Ιερομόναχος και θεολόγος Παρθένιος Περίδης. Ο τελευταίος προήδρευσε της γενικής συνελεύσεως της επαναστάσεως, ενώ ο ιερεύς γέρων παπά-Εμμανουήλ Κασσέλλος (Σελινιώτης) προήδρευσε της επαναστατικής κυβερνήσεως που σχηματίστηκε.
Το φυσικό κάλλος της περιοχής και το έντονο θρησκευτικό συναίσθημα που χαρακτηρίζει τους ανθρώπους της Μητροπολιτικής περιφερείας μας, συνετέλεσαν εις την άνθιση και διάκριση του μοναχικού βίου. Ιδιαιτέρας σπουδαιότητος για την αφύπνιση του Γένους των Κρητών υπήρξε η παρουσία και δράση και στην περιοχή μας του Αγίου κύρ Ιωάννου του Ξένου (τέλη του Ι’ αι.), ενώ κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας ιδρύθηκαν στη Μητρόπολή μας η Πατριαρχική Ιερά Μονή Γωνιάς, η Ιερά Μονή Χρυσοσκαλιτίσσης (αφιερωμένες και οι δύο στην Κοίμηση της Θεοτόκου), καθώς και διάφορα άλλα προσκυνήματα. Τα μοναστικά αυτά κέντρα έγιναν και κέντρα εκπαιδεύσεως κατά την περίοδο της δουλείας, συντηρούσαν σχολεία, βιβλιοθήκες και σπούδαζαν αρκετούς ανθρώπους, οι οποίοι αργότερα ανταπέδωσαν στον τόπο πολύτιμες υπηρεσίες, όπως ο μετέπειτα Μητροπολίτης Αθηνών Μισαήλ Αποστολίδης. Η προσφορά τους κατά τις Κρητικές επαναστάσεις θεωρείται πρωτευούσης σημασίας για τους απελευθερωτικούς αγώνες, αλλά και τα παθήματα και τα δεινά που υπέστησαν εκ της μανίας των εκάστοτε κατακτητών ήταν τρομακτικά.
Να σημειωθεί επίσης, ότι επί Αρχιερατείας του Επισκόπου Κισάμου και Σελίνου Ανθίμου Λελεδάκη ιδρύθηκε το 1910, σε ένα λόφο πάνω από το Καστέλλι, το γυναικείο Μοναστήρι του Παρθενώνος. Κατά τον Β’ παγκόσμιο πόλεμο η περιοχή των δύο Επαρχιών υπέστη πολλά δεινά ∙ ο Επίσκοπος Ευδόκιμος Συγκελάκης γυμνώθηκε, φυλακίστηκε και εξορίστηκε. Η Μονή Γωνιάς εκκενώθηκε και καταλήφθηκε από τον εχθρικό στρατό αλλά και πολλοί άλλοι κληρικοί εδιώχθησαν.
Από το 1945 και εξής, όταν όλοι απελάμβαναν ειρηνικούς τους καιρούς, και έχοντας ζωντανή ακόμη την φρίκη των πολέμων και των καταστροφικών αποτελεσμάτων τους, οι κάτοικοι της Εσπερίας Κρήτης προσπάθησαν να εντείνουν τους ρυθμούς της αποκαταστάσεως και της προόδου. Αυτό, με έναν ανεπανάληπτο τρόπο, έλαβε σάρκα και οστά επί Αρχιερατείας του Επισκόπου Κισάμου & Σελίνου Ειρηναίου Γαλανάκη, ανδρός λογίου και δραστηρίου, ο οποίος έδειξε μοναδική ικανότητα στην ανέγερση ιδρυμάτων (τυπογραφείο, αγροτικές, τεχνικές και οικοκυρικές σχολές, οικοτροφεία, γηροκομεία και πολλά άλλα) και ναών, και όλα αυτά όχι μόνο στην έδρα της Μητροπόλεως, αλλά και στις κωμοπόλεις της περιφέρειας (Βουκολιές, Κολυμπάρι, Κάνδανος, Σούγια, Παλαιοχώρα). Η προσωπική ακτινοβολία του διακεκριμένου Ιεράρχου συνετέλεσε στο να καταστεί η επαρχία του διεθνές χριστιανικό κέντρο, το οποίο επισκέπτονται ιερωμένοι και λαϊκοί διαφόρων ομολογιών. Όλα αυτά όμως χωρίς να θιγεί η χριστιανική θρησκευτική παράδοση των Κρητών. Κορυφαίο δημιούργημά του υπήρξε η ίδρυση της Ορθοδόξου Aκαδημίας Κρήτης στο Κολυμπάρι, ιδρύματος με επιτυχή πνευματική ακτινοβολία και προσφορά στο νησί μας αλλά και παγκοσμίως.
Είναι αλήθεια ότι κάτω από την πεπνυμένη ποιμαντορία του πολιού, μα πάντοτε σεβαστού, Μητροπολίτου Ειρηναίου Γαλανάκη μία από τις μικρότερες σε πληθυσμό Μητροπόλεις αναδείχθηκε από τις πρώτες σε δραστηριότητα και οργάνωση.
Διάδοχος του Γέροντος Ειρηναίου, ύστερα από την οικειοθελή παραίτησή του (23-8-2005), εξελέγη ο μέχρι τότε Πρωτοσύγκελλός του Αρχιμ. Αμφιλόχιος και νυν Μητροπολίτης Κισάμου και Σελίνου (4-10-2005), συνεχίζοντας το σωτηριώδες έργο της Εκκλησίας στις σύγχρονες απαιτήσεις, προκλήσεις και δυσκολίες.
Η Ιερά Μητρόπολη αριθμεί περί τις 80 Ενορίες.